巧克力囊肿怀孕后不一定会发生流产，但是会影响怀孕。导致流产的原因有很多种，只是单纯巧克力囊肿不会增加流产发生的几率，建议怀孕以后定期产检，及时关注自身身体情况，若是发现有腹痛，阴道出血现象及时到医院就医。
巧克力囊肿患者是否可以怀孕，需要根据具体病情来判断。如果巧克力囊肿体积较小，没有破裂且未影响卵巢功能，通常能够正常怀孕。然而，如果囊肿体积较大，出现破裂或导致卵巢功能受损，可能会影响受孕能力，甚至导致不孕。此外，巧克力囊肿还可能引起盆腔粘连、卵巢功能障碍等问题，进一步增加受孕难度。
因此，对于巧克力囊肿患者，建议及时就医，根据病情采取合适的治疗措施。在治疗过程中，医生会根据患者的年龄、生育要求、症状严重程度等因素进行综合评估。如果计划怀孕，应在医生指导下进行充分准备和监测，以提高受孕成功率。