菟丝子在使用时的副作用通常有以下几点。首先，是由于菟丝子本身就具有一定的温度性，所以自身存在有阴虚火旺等症状的患者在使用过后可能会导致自身的症状加重。其次，如果服用的量过大，也可能会导致有怕热以及大便干结等症状产生。另外，还需要注意，如果是孕期的女性使用，还可能会引起胎气不稳。
菟丝子的作用主要包括补益肝肾、固精缩尿、安胎明目、止泻，以及外用时的消风祛斑功效。菟丝子能够滋补肝肾，对肝肾不足、腰膝酸软、阳痿遗精等症状有明显的疗效。同时，菟丝子还能固精缩尿，治疗遗尿尿频等问题。在妇科方面，菟丝子有安胎作用，可缓解胎动不安等症状。菟丝子还能明目止泻，改善目昏耳鸣、脾虚泄泻等情况。
但是，在使用时需要注意适量，避免过量引起不良反应。孕妇等特殊人群应在医生指导下使用。