肾囊肿的形成主要包括：
1.遗传因素：部分肾囊肿患者存在染色体异常现象，特别是先天性多囊肾，以常染色体显性遗传疾病多见，携带此缺陷基因的父母，其后代患上该疾病的概率较高。
2.先天性发育不良：肾小管先天性发育不良是肾囊肿的另一重要原因，特别是部分起源于近端肾小管的囊肿，可能由于某些原因引起肾单位阻塞所致。
3.肾小管和周围血管闭塞：这多由于肾实质缺血以及局部的炎症导致，可使肾小管出现阻塞，已存在的肾小管和集合管扩张，从而形成囊肿。
4.炎症感染：肾脏或邻近组织长期受到炎症刺激，会增加囊肿生长或其他非典型增生的风险。