心脏核磁共振主要应用于检查心肌病变、各种大血管疾病、心包疾病、心脏瓣膜病和心脏肿瘤，还常用于心功能的测定。
心脏核磁共振是一种无创成像技术，是目前用于评估心脏结构、功能的金标准，可以通过流动的血液和心脏血管壁之间的对比关系形成核磁共振成像，是对患者心脏结构和功能的比较精确的定量检测，具有良好的软组织对比分辨率，扫描视野大，可获各个方位及不同角度的斜断面图像，能较清楚、客观地反映室腔大小、室壁厚度、室壁运动状态、心脏射血分数等，较其他检查更准确。另外，核磁共振对心肌病变的性质、心肌灌注情况也可以作出相应的评价。心脏核磁共振对于心室肌肥厚等心肌病变、主动脉夹层等大血管疾病、缩窄性心包炎等心包疾病、心脏瓣膜病以及心脏肿瘤都有很好的检测效果，也常应用于体检时心功能的测定。
需要注意的是，体内有心脏起搏器、体内有大块金属、心力衰竭、严重心律不齐、眼球内金属异物、不能保持静止不动的患者是不能做心脏核磁共振的，早期妊娠三个月以内的妇女也应该避免进行心脏核磁共振的检查。
