胚胎移植第六天小肚子胀，可能是受精卵着床、激素水平波动、消化不良等，需要进行针对性治疗，具体分析如下：
1、受精卵着床
胚胎移植第六天，受精卵会随着时间的推移逐渐稳定，在此期间可能会出现不适症状，如腹胀等，这是一种正常的生理现象，无需过于担心，一段时间后，就会自行缓解。
2、激素水平波动
胚胎移植后，体内的雌激素、孕激素水平也会出现变化，因此就会出现恶心呕吐，表现为胚胎移植第六天小肚子胀。建议定期前往医院进行B超检查，从而了解胎儿的发育。
3、消化不良
如果一次性食用过多难以消化的食物，可能会导致食物堆积在肠道内无法消化，就会出现这种现象。可以在医生的指导下服用健胃消食片、乳酸菌素片等药物治疗。
除上述外，卵巢过度刺激综合征、子宫内膜受损、异位妊娠、胚胎死亡等都会导致这种现象出现。建议及时前往医院进行治疗时，病情得到一定的改善。
