一般情况下，做肠镜是否难受因人而异，对疼痛有较高耐受性的人，通常感受轻微，对疼痛敏感的人来说，可能会觉得很难受。
在做肠镜之前，需要进行肠道准备，通常是口服泻药来清洁肠道。这个过程要喝下大量的液体，频繁地排便，可能会出现腹胀、腹痛等情况，可能会在一定程度上令人感到不适。
当肠镜通过肛门插入肠道时，肠镜在肠道内前进，会对肠壁产生牵拉和刺激。耐受性较高的人，能够比较平静地接受肠壁被牵拉和刺激的感觉，整体状态比较放松，检查结束后也能较快地恢复正常活动。但对疼痛敏感的人肠壁的刺激反应比较强烈，只是轻微的牵拉也会感觉腹部胀痛难忍，这种不适的感觉可能会随着肠镜在肠道内的深入而不断增强，可能有阻止检查的冲动。检查结束后，可能还需要一段时间来缓解检查过程中带来的难受感觉。
如果害怕做肠镜时难受，患者可在检查前充分与医生沟通，选择无痛肠镜，检查时在麻醉状态下进行，有效避免痛苦。
