阴茎上面皮肤长小水疱痒一般是由于细菌感染所引发的，还有可能是疱疹病毒感染所导致。如果是由于细菌感染所致，通常和不注意个人卫生有比较大的关系，一般可以使用碘伏消毒，并且还可以在局部涂抹红霉素软膏进行治疗，能够起到消炎抗菌的作用。如果是由于疱疹病毒感染所引起的，则需要选择抗病毒的药物进行治疗，比如阿昔洛韦乳膏。
阴茎上面长了小水泡可能是因为过度手淫，或者挤压以及外伤等因素引起的，也可能是因为阴茎上出现过敏导致的。
另外，也不排除是因为感染生殖器疱疹引起的。如果患者对内裤材质或清洗剂过敏，也可能导致阴茎出现小水泡。这种情况下，应避免接触过敏原，并使用抗过敏药物进行治疗。
阴茎上面长了小水泡，如果长时间得不到改善，最好到正规医院做相关检查，明确病因后配合医生规范治疗。