一般扁平疣大多数患者无自觉症状，个别患者有轻微瘙痒感。扁平疣通常会出现特征性皮损，皮损常见于面部或手背、手臂，皮损体积一般为米粒至大豆大小，颜色为通常的肤色或淡褐色， 形态为圆形或椭圆形，大多数患者疣体持续2-3年左右即自行萎缩、消失，消失前局部皮肤有轻微发红、瘙痒症状，皮损消失后一般不留痕迹。建议患者日常饮食以清淡为主，避免食用辛辣刺激性食物。
扁平疣的症状主要表现为皮肤上的微小丘疹，这些丘疹通常呈现为圆形或椭圆形的扁平状，表面光滑，质地稍硬，颜色多为正常肤色或淡褐色。它们的大小从针头到米粒大小不等，分布范围广泛，可以单独出现，也可以密集成群。
扁平疣好发于面部、手背、前臂等暴露部位，特别是在皮肤受到轻微外伤或免疫力低下时更容易发生。患者一般无自觉症状，如疼痛或瘙痒，但偶尔会有轻微的瘙痒感。
扁平疣的病程发展缓慢，可持续多年，但部分患者的疣体可能会自行消退。若疣体受到摩擦或搔抓，可能会引起继发感染，导致局部红肿、疼痛等症状。