阴茎上面长小水疱可能是阴囊湿疹引起，也有可能是生殖器疱疹导致。如果出现龟头、包皮或冠状阴沟内出现糜烂、水疱等症状时，主要是生殖器疱疹，可以在医嘱使用阿昔洛韦片来进行改善。如果阴茎头部出现丘疹并伴随着溃烂，可能是阴囊湿疹。
阴茎上面长了小水泡可能是因为过度手淫，或者挤压以及外伤等因素引起的，也可能是因为阴茎上出现过敏导致的。
另外，也不排除是因为感染生殖器疱疹引起的。如果患者对内裤材质或清洗剂过敏，也可能导致阴茎出现小水泡。这种情况下，应避免接触过敏原，并使用抗过敏药物进行治疗。
阴茎上面长了小水泡，如果长时间得不到改善，最好到正规医院做相关检查，明确病因后配合医生规范治疗。