甲流和乙流疫苗各自采用不同的抗原株。在全球范围内，甲型流感病毒主导，故甲流疫苗具有较高的优先性，乙型流感相对较少，国内外一般采用甲流疫苗作为基础流感疫苗，乙流疫苗作为补充流感疫苗。乙流疫苗主要是针对本年度流行的乙型流感病毒，用来提高抵抗乙型流感的免疫能力。根据世界卫生组织的建议，在流感高发期，应对有高乙流疫苗覆盖率的人群，包括婴幼儿、老年人、慢性病患者、免疫抑制患者以及孕产妇，应及时接种乙流疫苗，以增强其对乙型流感的抗体水平，提高抵抗乙流感病毒的免疫能力。甲流疫苗主要是针对A型流感病毒的抗原株，主要有甲流亚型H1N1和甲流亚型H3N2，其中分别占甲流流行病毒的60%和40%，甲流疫苗通常可用于预防婴儿、儿童、青少年和成人，以达到提高抗甲流病毒免疫能力的目的。甲流和乙流疫苗均具有较好的安全性和有效性，接种任一种疫苗都可以起到预防流感的作用，但要注意，甲流和乙流疫苗打针需要分开打。