来治疗甲流乙流病毒感染最常用的方法是服用抗病毒药物。甲流乙流病毒感染大多可使用一种药，即核苷酸类药物，如奥利司他（Oseltamivir）和阿拉伯那（Zanamivir），可以通过口服或吸入形式使用。奥利司他可用于预防或治疗甲流，口服剂量根据年龄分别为30mg或75mg，每天两次，治疗时间为5至7天。阿拉伯那可用于治疗甲流，每次吸入10mg，每天两次，治疗时间为5天，用于预防乙流的剂量为每次10mg，每天两次，每次疗程为21天。同时，用于治疗甲流乙流的还有抗病毒血清瘤，可以有效地降低患者住院治疗的风险。