医院的急诊部门可以检查甲流乙流。根据临床检查与诊断的一般原则，急诊医生会完成一系列检查，以有效地诊断病人。通常，急诊医生会收集病人的临床症状、体征、检查记录以及其他相关信息，从而诊断病人是否患有甲流乙流。如果检查结果表明，病人可能患有甲流乙流，医生就会根据临床诊断标准和检验结果来诊断病人是否患有甲流乙流。在考虑诊断病人之前，医生可能还会利用免疫实验室检查，以确定病毒核酸的存在，以及测定病人的血清中的抗体水平，以确定病人的免疫反应。急诊医院也可以执行其他检查，以诊断甲流乙流，包括体格检查、X线检查、血常规检查等等，以辅助医生的临床诊断判断。