甲型流感病毒性肺炎治疗的重点在于控制患者的症状，并通过支持治疗来改善患者的全身状况。一般推荐的措施包括调整患者的体温，控制疼痛，补充水分，提高营养，止咳和鼻塞，抗炎药，以及抗病毒治疗。由于甲型流感病毒性肺炎患者有风险发生重症，因此，很多患者需要住院治疗。若采用动态治疗，患者可以选择观察或服用抗病毒药物（如米非司酮），或定期行X线检查，以及监测患者的血氧指数和呼吸状态。此外，医生还可以向患者提出建议，以减少风险发展为重症。对于乙型流感的治疗，也大致与甲型流感的治疗相同，但尚未开发出特效抗乙型流感病毒（H1N1）的药物。大多数患者仅需常规支持治疗，包括缓解症状，提高免疫力，补充营养，以及疗养，但有些受苦的患者需要用抗细菌药物或抗炎症药物。当患者出现严重症状时，抗病毒药物可以被用于有效治疗。