细菌性肠炎的药物治疗包括：1、抗生素治疗：抗生素可以有效抑制致病菌的繁殖，减少炎症，有助于恢复正常肠道功能和结构。最常用的抗生素为头孢菌素类抗生素，如头孢唑林、头孢氨苄等，也可以选择其它类抗生素，如大环内酯类抗生素，如硝酸咪唑酮。2、抗病毒药：抗病毒药有助于抑制病毒的复制，减少炎症，减少毒素的释放和抑制寄主免疫系统异常反应，常用的药物有红霉素、格列齐特等。3、抗生物素：抗生物素可以抑制附着在细菌壁上的抗原，有助于抑制细菌的繁殖，可以用于治疗细菌性肠炎，常用的药物有庆大霉素、硫酸链霉素等。4、抗凝血药：抗凝药有助于抑制血小板凝集，减少血小板的聚集，减少炎症的发生；常用的药物有氨苄西林、氯吡格雷、肝素类等。5、抗热毒药：抗热毒药可以抑制细菌繁殖，释放抗炎素，减少炎症，常用的药物有氨舒利酯，环磷酰胺类等。