如果孕妇在孕期6个月因乙流住院，应该采取以下措施：
1.就医咨询：立即联系医生或前往医院，告知自己的情况和症状，接受专业医生的评估和治疗建议。
2.遵循医生指示：严格遵循医生的治疗方案和药物使用指导，不要自行停药或更改剂量。
3.休息和饮食：在医生的指导下，保持充足的休息，遵循健康饮食，确保获得足够的营养。
4.防护措施：住院期间，遵循医院的感染控制措施，如勤洗手、戴口罩等，以减少传染风险。
5.密切监测：定期进行孕期检查，包括胎儿的发育情况和母体的健康状况，确保及时发现和处理任何异常情况。