如果病患感染了兩種流感病毒，像甲流和乙流，最常見的确诊方法就是進行实验室檢測。這兩種流感病毒可以通過PCR（聚合酶鏈反應）和/或免疫試驗來檢測出來，它們對於特定的流行性流感毒株具有診斷意義。此外，一些病患的表現可能會在兩種流感病毒的協同作用下而成為更加嚴重的個案，因此，對於有可能混合感染的病患，醫生需要及時對病患的病史症狀進行評估，此外也需要通過实驗室檢測進行診斷。如果病患需要更深入的檢測，還可以安排一些血清學檢測，選擇合適的藥物治療以減輕病情，或者通過確定抗原特異性或單個抗體濃度來判斷並確定病患感染的不同流感毒株。