肾结石做手术对身体伤害的大小取决于多种因素。肾结石手术方式主要有体外冲击波碎石、经皮肾镜取石、经尿道钬激光碎石等。这些手术方法相对于其他外科手术来说，创伤较小，对身体伤害相对较小。结石越大，病情越严重，手术难度越大，对身体伤害的可能性也越大。同时，病程较长的肾结石可能引起严重的肾积水，手术时对身体伤害相对较大。患者的年龄、性别、身体状况等都会影响手术对身体伤害的程度。一般来说，年轻人、身体状况较好的患者术后恢复较快，对身体伤害较小。充分的术前准备和良好的术后护理可以降低手术并发症的风险，从而减轻对身体的影响。建议询问临床医生以制定合适的治疗方案。
