宝宝拉肚子是比较常见的情况，可能是免疫系统还不够健全，消化不良引起的。也可能是细菌或病毒感染引起的，还有可能是寄生虫感染造成的。如果宝宝出现拉肚子，还伴有腹痛、呕吐的情况，建议及时就医，以确定病因，及时采取措施进行治疗。也应该注意及时给宝宝补充充足的水分，保持身体水分平衡。还应该注意宝宝的卫生，保持室内清洁并通风，以保障宝宝的健康。
针对三个月宝宝拉肚子的症状，通常有以下几种可能的原因：
1.母乳喂养的宝宝，由于母乳中的成分易于消化吸收，偶尔出现稀便属于正常现象，不必过于担心。但如果大便次数明显增多，性状变为水样或蛋花汤样，且伴有酸臭味、发热、精神不佳、尿量减少等症状，则需及时就医。
2.人工喂养的宝宝，可能因配方奶不耐受、过敏或喂养器具清洁不当导致细菌感染引起腹泻。此时，调整配方奶种类或加强喂养器具消毒可能有助于改善症状。但同样，如果症状严重或持续时间较长，应立即就诊，以免脱水等并发症发生。
3.部分宝宝对奶粉中的蛋白质过敏，可能导致腹泻。一般喝牛奶或配方奶后有非感染性腹泻超过2周，并伴随皮肤症状如湿疹、荨麻疹等。
4.感冒：三个月的宝宝感冒时，也可能伴有腹泻症状。
5..病毒或细菌感染：特别是轮状病毒，是秋冬季宝宝腹泻的主要病原。由轮状病毒引起的腹泻常伴有呕吐和发热。