前驱期或卡他期，此时孩子会出现类似感冒的症状，如咳嗽、打喷嚏、流涕、低热等。这些症状可能持续数天，随后咳嗽会日渐加重，尤其在夜间更为明显。痉咳期，是百日咳病情最为严重的阶段。孩子会出现明显的阵发性、痉挛性咳嗽，咳嗽剧烈时，可能伴有吸气性的吼声，类似鸡鸣样。恢复期，痉咳期的症状会逐渐缓解，鸡鸣样吸气吼声会消失，咳嗽也会减少直到停止。这个阶段大约会持续2～3周。
1、潜伏期：这个时期一般是百日咳的初级阶段，孩子身上基本看不出任何生病的症状。
2、卡他期：也称为早期，孩子会出现类似于上呼吸道感染的症状，如鼻涕、打喷嚏、鼻塞，偶尔咳嗽等。
3、痉咳期：这个时期是孩子得病最严重的阶段，孩子会经常性地痉挛性剧烈咳嗽，一天多达几十次，且夜间咳嗽更为严重。年龄越小的孩子，症状越明显。严重者可能会出现呕吐，甚至是吐血的情况。
4、恢复期：经过治疗或疾病自然病程后，咳嗽逐渐减轻，变为较轻微的偶尔咳嗽。