巧克力囊肿的手术一般有以下两种方式：1、传统开腹手术：选用腰硬联合麻醉方式，患者取平卧位。在下腹正中处做约10cm的纵向切口，逐层切开卵巢。在直视下将囊肿组织切除，然后冲洗腹腔。使用可吸收的缝合线将切口逐层缝合，术后留置引流管、导尿管，并应用抗生素预防感染。2、腹腔镜手术：选用全麻方式，患者取平卧位。在脐部做1cm切口，建立人工气腹，并置入腔镜观察囊肿情况。在腹部其他位置做穿刺处理，进一步观察腹腔内情况。分离囊肿与周围黏连组织，剥离囊肿后，根据出血情况选择缝合或电凝刀止血。术后同样需要留置引流管、导尿管，并应用抗生素预防感染。
巧克力囊肿，是由于子宫内膜细胞（本应在子宫腔内的细胞）异位到了卵巢上，并随着月经周期生长和出血，形成的囊肿。这些囊肿内部含有旧血，颜色类似巧克力，故得此名。以下是导致这种情况的一些可能因素：
1.经血逆流：正常情况下，月经血应从子宫通过阴道排出体外。但在某些女性中，部分经血可能逆流回输卵管，甚至进入盆腔，将子宫内膜细胞带到卵巢。
2.遗传因素：有家族史的女性更容易患上巧克力囊肿，可能与基因有关。
3.免疫系统异常：免疫系统功能异常可能无法有效清除异位的子宫内膜细胞，促使它们在卵巢上生长。
4.手术影响：如剖宫产、宫腔镜手术等可能会将子宫内膜细胞带到盆腔，增加发生巧克力囊肿的风险。
如果出现痛经、月经不调或不孕等症状，建议及时就医。