肛瘘复发的原因主要有以下几点：1.治疗不规范：未能完全清除感染源或瘘管，如高位瘘管未处理或内口定位错误，导致治疗不彻底。2.方法选择不当：有些手术方法处于探索阶段，效果不确定，术后复发的可能性较高。3.内口定位不准确：未能准确定位和充分切开内口，导致感染源持续存在。4.手术操作问题：如挂线术可能人为制造新的内口，或主灶未敞开，影响治疗效果。5.原发感染源持续存在：如肛窦炎、肛腺感染等未得到有效治疗，导致肛瘘复发。在治疗肛瘘时，应确保治疗规范、方法选择恰当，并彻底消除感染源，以降低复发的风险。患者如有疑虑建议及时就医咨询。