肛瘘的发病原因主要包括以下几个方面：1.直肠肛门损伤：由于来自消化道的骨性异物、金属等，或肛门窥器检查造成的损伤，导致细菌侵入伤口，引起肛周脓肿，进而可能形成肛瘘。2.细菌感染：肛管直肠部位是“排污”的重要通道，细菌容易侵入肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体，造成感染并形成脓肿，脓肿破溃后可能形成肛瘘。3.肛周脓肿：由于粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛周脓肿，如不及时治疗，脓肿破溃后可能形成肛瘘。4.特殊感染：如结核杆菌、放线菌等感染形成的脓肿，以及克罗恩病等难以自愈的疾病，也可能形成特殊性肛瘘。以上因素中，细菌感染和肛周脓肿是导致肛瘘的主要原因。对于肛瘘的治疗，一旦发现应及时就医，避免病情恶化。