肛瘘的高低位判断主要依据瘘管的位置与肛门外括约肌深部的相对关系。高位肛瘘的瘘管位于肛门外括约肌深部以上（远离肛门），而低位肛瘘的瘘管则位于肛门外括约肌深部以下（靠近肛门）。这种判断可以通过肛门指诊、瘘管造影、肛门镜、核磁共振（MRI）等多种检查手段进行确认。1.肛门指诊时，若触及瘘管位于肛门外括约肌深部以上，则为高位肛瘘。2.瘘管造影和MRI检查可以明确瘘管的走向和高度，帮助判断肛瘘的高低位。3.肛门镜检查时，若发现瘘管位于齿状线以上，则提示为高位肛瘘。这些检查方法各有特点，但通常结合使用可以更准确地判断肛瘘的高低位。