在医院打耳洞时，科室的选择取决于医院的分科情况。一般来说，可以选择以下科室：
1.医疗美容科或整形外科：这两个科室专注于通过手术或非手术方法改善身体外观，包括打耳洞。医生会对局部进行消毒，并采用一次性器械对耳垂进行穿刺，操作过程较安全。
2.皮肤科：皮肤科专门诊治各种皮肤相关的问题，包括感染、过敏反应等。如果担心打耳洞后出现局部红肿、疼痛或感染迹象，皮肤科可以提供专业评估。
3.耳鼻喉科：作为与耳朵直接相关的科室，耳鼻喉科也可以提供打耳洞的服务，并观察伤口愈合情况，必要时进行细菌培养以评估是否感染。
在选择科室时，建议到正规的医院进行咨询，并告知医生自己的需求和健康状况，以便医生给出最合适的建议。