三个月内的宝宝常见的疾病主要包括：
1.呼吸道疾病：如急性上呼吸道感染，可能由细菌、病毒等引起，表现为发热、咳嗽、流涕等症状。此外，支气管哮喘也是常见的呼吸道问题，可能与遗传、环境等因素有关，症状包括咳嗽、呼吸急促等。
2.消化系统疾病：如肠道炎症，可能导致腹泻、呕吐等症状。婴儿反射性食管炎也可能发生，表现为干呕等症状，这主要是因为婴儿食管和胃之间的连接处未发育完全，胃酸容易倒流至食管。
3.过敏：此阶段的宝宝免疫系统尚未完善，可能对某些食物或环境过敏，导致呕吐、腹泻等症状。
家长应密切关注宝宝的身体状况，如有异常应及时就医。