小儿脑炎后遗症的康复情况因个体差异和病情严重程度而异。一般来说，如果得到及时有效的正规治疗，并且没有明显脑神经细胞损害的情况下，大多数患儿在2~4周内可以看到症状改善。对于已经造成明显脑神经细胞损害，导致运动障碍、智力发育障碍、言语功能丧失或吞咽困难等情况的患儿，康复过程将更为复杂和漫长。正规的康复治疗在6个月内可能帮助患儿实现一定程度的肢体功能恢复和言语功能恢复。但需要注意的是，如果康复治疗后症状仍没有得到明显改善，随着时间的推移，治疗效果将逐渐减弱，遗留后遗症的可能性也会增加。因此，对于小儿脑炎后遗症，早期诊断、及时治疗和持续康复是非常重要的。
一般而言，脑炎后遗症很难完全治愈。
脑炎后遗症主要包括偏瘫、言语不利、癫痫、认知功能障碍等，这些疾病的治疗难度较大。偏瘫即使经过积极的康复治疗，也很难得到完全的恢复；言语不利的患者通过语言康复训练，虽然可以有所改善，但往往难以达到完全治愈；癫痫更是非常难治愈，需要长期规律的服用抗癫痫药物，且很难被完全控制。而认知功能障碍则几乎不可能完全恢复。
因此，脑炎后遗症的治疗，主要目标是缓解症状、提高患者的生活质量和自理能力。治疗方法包括药物治疗、康复训练和手术等，其中康复训练是比较重要的治疗方法，可以通过锻炼患者的神经系统和肌肉系统来帮助他们恢复正常的生活功能。同时，保持良好的生活习惯和心态也对患者的康复有积极作用。