右肾囊肿术后三个月复发的原因可能涉及多个方面：
1.囊肿切除不彻底：手术时可能由于囊肿位置特殊或手术难度较高，导致囊肿切除不完整，残留部分囊肿组织，增加了复发的风险。
2.局部复发：术后局部炎症或切除不完全可能导致肾囊肿再次形成，特别是在手术区域附近。
3.囊肿本身特性：如果囊肿具有再生能力或存在多个肾囊肿，术后复发的可能性相对较高。
4.感染：术后感染可能导致肾脏受损，从而引发新的囊肿形成。
5.其他原因：如梗阻、出血等情况也可能导致肾囊肿术后复发。
患者在术后应遵医嘱进行定期复查，一旦出现复发症状，应及时就医并接受相应的治疗。