扁平疣的病毒主要是人乳头瘤病毒（HPV），具体来说，HPV-3型、HPV-10、HPV-28、HPV-41型等是引起扁平疣的主要病毒类型。这些病毒主要通过直接或间接接触传播，例如触摸感染者的皮肤或共享个人物品。当皮肤出现破损时，HPV病毒会通过破损处侵入，感染皮肤表皮细胞，并在其内复制、增殖，引起细胞的异常分化和增生，从而形成扁平疣。此外，免疫系统功能低下的人，如青少年、体弱多病者以及皮肤受到外伤者，更容易感染HPV病毒而患病。总之，扁平疣的病毒来源于人乳头瘤病毒，预防其传播需要避免与感染者接触，保持良好的个人卫生习惯。