一般来说，如果疼痛是由口腔疾病如口腔溃疡、舌炎等引起的，可以首选口腔科或口腔黏膜科就诊，这些科室能够针对口腔内的炎症和溃疡进行专业的诊断和治疗。如果疼痛表现为舌根部位的发作性剧烈疼痛，可能是舌咽神经痛或三叉神经痛等神经系统问题，此时可以选择神经内科或神经外科就诊。
此外，如果疼痛与消化系统问题如胃溃疡、十二指肠溃疡等有关，或者与糖尿病、甲状腺功能亢进症等内分泌疾病有关，也可以分别选择消化内科或内分泌科就诊。在就诊时，建议详细描述疼痛的性质、持续时间和伴随症状，以便医生能够更准确地判断病因并提供相应的治疗建议。