三岁小孩肚子痛的原因包括：
1.消化不良：由于小孩消化系统发育尚未成熟，进食过多、过杂或不易消化的食物，可能导致消化不良，引发肚子痛。
2.腹部受凉：腹部受寒或长时间处于空调房中，可能导致胃肠蠕动速度加快，引起肠痉挛，从而肚子痛。
3.疾病因素：如急性胃肠炎、阑尾炎、肠系膜淋巴结炎等，这些疾病可能导致腹痛，并可能伴随其他症状如呕吐、发热等。
4.卫生问题：小孩在日常生活中可能随便抓东西吃，若食物不洁或含有细菌，也可能导致肚子痛。
5.其他因素：如腹型过敏性紫癜、肠道寄生虫病等，也可能引起小孩肚子痛。