被蚊虫叮咬后起水疱，可以采取以下药物治疗措施：
1.局部消毒：使用碘伏或医用双氧水进行局部消毒处理，以杀灭可能存在的细菌和病毒，防止感染。
2.外用药物：对于小的水疱，可以涂抹糖皮质激素类药物，如地奈德乳膏、丙酸氟替卡松乳膏等，这些药物能有效缓解局部炎症反应，并减轻疼痛和瘙痒。若水疱破溃，则需涂抹氧氟沙星凝胶或红霉素软膏等，以预防感染并促进水疱愈合。
3.口服药物：若水疱较为严重，或伴有剧烈的瘙痒和红肿，可考虑口服抗组胺药物，如盐酸奥洛他定片、地氯雷他定干混悬剂等，这些药物能有效缓解瘙痒和红肿症状。
如症状持续不缓解或加重，应及时就医。