扁平疣和寻常疣虽然都是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的皮肤病，但两者在多个方面存在差异。
1.从皮损的形态上看，扁平疣主要表现为米粒至黄豆大小的扁平丘疹，表面光滑，质地较硬，颜色变化不定，好发于面部、手背及前臂等暴露部位。而寻常疣则表现为较硬的丘疹，表面粗糙，呈菜花状或乳头状，好发于手部、颈部、胸部、腋下及脚底等部位。
2.两者的发病部位也有所不同，扁平疣主要发生在面部和手背，而寻常疣则可发生在身体的任何部位，但以手部多见。
3.两者的治疗方法虽然总体相似，但具体方案可能因患者的病情和个体差异而有所不同。
因此，在治疗时应根据患者的具体情况进行诊断和治疗。