扁平疣发痒的原因多样，主要包括以下几点：
1.病毒感染：扁平疣主要由人乳头瘤病毒感染引起，病毒过度繁殖时可能对末梢神经产生刺激，导致瘙痒症状，这是疾病本身的一种表现。
病情发展或好转：在病情发展过程中，或经过治疗后病情好转时，也可能出现瘙痒感。这可能是由于机体抵抗力增强、药物刺激等因素所致。
2.过敏反应：如果患者在发病期间接触了过敏性物质，如动物毛发、花粉、粉尘等，或使用了某些化妆品、护肤品，可能导致皮肤出现变态反应，表现为瘙痒、红肿等症状。
3.细菌感染：扁平疣部位若受到细菌感染，病原菌的增殖会激活机体炎症因子，刺激皮肤产生瘙痒感。
4.精神因素：精神过度紧张或情绪波动也可能导致植物神经紊乱，进而引发扁平疣部位的反应性瘙痒。
5.其他因素：如蚊虫叮咬、过度摩擦等也可能导致扁平疣部位出现瘙痒。