扁平疣是否可以自愈，主要取决于病情的严重程度及个体差异。一般来说，如果症状比较轻微，没有引起明显的不适，如瘙痒、疼痛等，且患者免疫力较强，扁平疣有可能通过自身免疫系统的调节而自愈。这通常要求患者保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、充足睡眠等，以增强身体免疫力。
然而，如果扁平疣的症状较为严重，如出现明显的瘙痒、疼痛、发红等症状，或者患者免疫力较弱，那么自愈的可能性就相对较小。此时，建议患者及时就医，根据医生的建议选择合适的治疗方法，如局部外用药物、冷冻疗法、激光疗法等，以去除疣体并防止病情进一步恶化。
因此，在治疗过程中，患者应保持耐心，并遵循医生的指导进行规范治疗。