木棉花具有多种药用价值和健康益处。其含有丰富的活性成分，如多酚、黄酮类化合物和维生素C，具有明显的抗氧化作用，可以帮助清除体内自由基，减缓衰老过程。木棉花还具有一定的抗炎和抗菌特性，有助于缓解炎症，预防和治疗感染。其润肺止咳的作用对呼吸系统健康有积极影响，常用于缓解咳嗽和呼吸道不适。木棉花也有助于调节血糖水平，对于糖尿病患者可能带来一定的好处。木棉花在传统中医中被用于促进血液循环、改善血液质量，具有一定的补血效果。在美容护肤方面也有应用，能够改善皮肤质地，具有一定的美白和抗衰老效果。在木棉花使用过程中应遵循合理剂量，避免发生负面影响。
木棉花能清热利湿，可用于治疗湿热下注导致的痢疾、泄泻、痔疮出血等病症。有解毒止血的作用，对痈肿疮毒、金疮出血有一定疗效。还能健脾祛湿，有助于改善脾胃虚弱、湿气困脾引起的食欲不振、腹胀等症状。
使用木棉花也有一些禁忌。孕妇应该慎用，因为其部分成分可能对胎儿产生影响。过敏体质者使用时需要小心，可能会引起过敏反应。木棉花性凉，脾胃虚寒者不宜过量使用，以免加重脾胃虚寒的症状，导致腹痛、腹泻等不适。
在使用木棉花要根据患者的自身情况，遵循医嘱的建议。
棉籽中含有丰富的油脂、蛋白质，此外还含有棉酚等物质，具有补肾，止血，暖胃，催乳的功效。棉籽可以滋阴补肾，有效地缓解男性遗精、阳痿、早泄等症状。对于女性血崩的症状，棉籽可以起到止血的效果。
此外，胃寒胀痛、胃炎、胃溃疡的患者可以服用棉籽，从而达到暖胃的功效。而对于哺乳期乳汁缺少的女性，也可以服用棉籽进行催乳，缓解乳汁少的情况。