肛门疼痛时，患者应根据自身症状表现选择合适的科室就诊。一般来说，肛门疼痛应优先考虑挂肛肠外科。肛肠外科是专门处理肛门、直肠等疾病的科室，对于肛门疼痛的病因诊断及治疗具有丰富的经验。
如果肛门疼痛是由于肠道炎性疾病导致的，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等，也可考虑前往消化内科就诊。消化内科医生能够针对肠道炎症进行专业的诊断和治疗。
此外，若肛门疼痛同时伴有肛门大量出血、高热不退等危急情况，应立即前往急诊科就诊，以确保及时得到救治。肛门疼痛患者应根据自身情况选择合适的科室就诊，并在医生的指导下进行病因诊断和治疗。