肛瘘的治疗方法主要包括药物治疗和手术治疗两大类。药物治疗方面，患者可以使用高锰酸钾溶液坐浴，并外涂金黄膏等药物来缓解症状，同时在感染急性期可以使用抗生素进行抗感染治疗。然而，药物治疗通常只能控制症状，难以根治肛瘘。
手术治疗则是治疗肛瘘的主要方法，包括瘘管切开术、挂线治疗、肛瘘切除术等。瘘管切开术适用于瘘道位置较低的肛瘘，通过切开瘘管并依靠肉芽组织生长使伤口愈合。挂线治疗则是利用橡皮筋或药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘，具有不会造成肛门失禁的优点。肛瘘切除术则是切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，适用于低位单纯性肛瘘。
在选择治疗方法时，应根据患者的具体病情和医生建议进行决策。同时，治疗后也应注意保持良好的生活习惯和饮食习惯，以促进病情的恢复和预防复发。