扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，引起原因包括：
1.病毒感染：HPV3、10、28等亚型病毒是扁平疣的主要病原体，这些病毒通过皮肤接触传播，如直接接触感染者的皮肤或使用其被污染的物品。
2.个体易感性：免疫力低下的人群，如免疫缺陷患者、接受器官移植或化疗的人，以及儿童及青少年，因自身抗病毒能力较弱，更容易感染HPV病毒并发展成扁平疣。
3.皮肤损伤：皮肤上的微小破损或创口为病毒提供了侵入的机会，增加了感染风险。
4.间接接触：通过接触被HPV病毒污染的物品，如毛巾、浴缸等，也可能导致扁平疣的发生。