扁平疣的去除方法主要包括：
1.药物治疗：外用药物如维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏等，这些药物可以抑制病毒复制、增强细胞免疫，促进扁平疣的消退。系统药物如免疫调节剂，也可用于提高机体免疫力，辅助治疗。
2.物理治疗：液氮冷冻、激光治疗、电灼术等是常用的物理治疗方法，通过直接破坏扁平疣的疣体组织，达到去除效果。这些方法通常适用于疣体数量较少的情况。
3.手术治疗：对于难治性扁平疣或皮损较大的患者，可考虑手术切除或自体疣免疫疗法。自体疣免疫疗法通过将自体疣植入皮下脂肪层，刺激机体产生抗病毒抗体，从而清除表皮上的病毒。
4.中医治疗：中医中药在治疗扁平疣中也有一定的作用，包括中药外洗、针刺法、火针法等，但需在专业中医师的指导下进行。