扁平疣点掉后留下的印子通常是由于色素沉着引起的，去除这些印子可以通过多种方法。可以尝试外用药物，如维生素E霜、芦荟胶、维A酸乳膏、氢醌乳膏等，这些药物有助于淡化黑色素，抑制色素沉着。使用时需注意在医生或药师指导下进行，并可能需要长期坚持才能看到效果。
物理治疗也是有效的选择，如光子嫩肤、激光治疗和冷冻治疗等。这些治疗方法能够直接作用于皮肤深层，分解色素颗粒，并刺激皮肤胶原蛋白的再生，从而达到去除印子的目的。但需要注意的是，这些治疗需要在正规医院或专业机构进行，以确保安全和效果。
此外，日常护理也非常重要。患者应避免过度暴晒，做好防晒工作，同时保持饮食均衡，多摄入富含维生素C和E的食物，有助于促进皮肤的修复和淡化印子。