扁平疣冷冻后起水泡，可通过以下方式处理：
1.日常护理：保持患处清洁，避免沾水，防止感染。同时，穿宽松舒适的衣物，避免局部摩擦。适当休息，避免过度劳累，有利于病情恢复。
2.及时消毒：在医生指导下，使用碘伏或聚维酮碘溶液对患处进行消毒，避免局部感染。
3.外用药物：根据医生建议，涂抹维A酸乳膏、红霉素软膏、阿昔洛韦乳膏等药物，促进水泡消退。
4.口服药物：若症状较重，可遵医嘱口服罗红霉素片、阿莫西林胶囊等药物，预防感染，促进恢复。
5.就医处理：若水泡较大或疼痛明显，应及时就医，医生可能会使用无菌针将水泡挑破，并进行进一步的处理。
扁平疣冷冻后的恢复时间因个体差异而异，但一般来说，大多数患者在冷冻治疗后的一周到两周内会有明显的改善。具体来说，脸部等较为敏感且血液循环丰富的部位，通常恢复较快，可能在5-7天内结痂并开始脱落。而躯干和四肢等部位的恢复时间可能会稍长，大约需要7-15天，甚至更长的时间才能完全恢复。
需要注意的是，恢复时间的长短不仅与治疗部位有关，还受到个人体质、病情严重程度以及冷冻治疗后的护理情况等多种因素的影响。因此，在进行冷冻治疗后，患者应遵医嘱做好护理工作，保持创口的清洁干燥，避免感染，以促进尽快恢复。