扁平疣病毒的治疗主要包括：
1.局部药物治疗：患者可以在医生的指导下，外用维A酸类药物（如维A酸乳膏、他扎罗汀凝胶）或抗病毒类药物（如重组人干扰素α-2b凝胶、咪喹莫特乳膏）等，以促进疣体脱落和抑制病毒复制。
2.物理治疗：物理治疗是去除扁平疣的常用方法，包括液氮冷冻、激光治疗、电灼术等。这些方法通过直接作用于疣体，破坏其组织，达到治疗的目的。
3.中医治疗：中医中药疗法也是一种有效的治疗方式，包括中药外洗、穴位注射、针刺法、火针法等，通过调理身体内部环境，增强免疫力，达到治疗扁平疣的效果。
4.系统药物治疗：对于病情严重或反复发作的患者，可以考虑使用系统药物治疗，如免疫抑制剂（如干扰素α1b注射液、胸腺肽注射液）等，以增强机体免疫力，抵抗病毒。
5.手术治疗：对于较大或复杂的扁平疣，手术切除是一种选择。手术后需注意伤口护理，避免感染。