脸上的扁平疣有多种根治办法，主要包括：
1.物理疗法：如二氧化碳激光、液氮冷冻、电离子烧灼等。这些方法通过破坏疣体组织，使其坏死脱落，从而达到治疗的目的。特别是二氧化碳激光和液氮冷冻，对于数量不多的扁平疣，效果显著且根治率较高。
2.药物治疗：可以使用抗病毒药物，如干扰素、咪喹莫特、氟尿嘧啶乳膏等，配合维A酸乳膏进行治疗。对于数量多且易复发的扁平疣，还可以考虑使用调节免疫力的药物，如转移因子、左旋咪唑等，以增强机体抵抗力，防止复发。
3.自体疣埋植术：通过将自体疣体埋植到体内，刺激细胞免疫，达到根治扁平疣的目的。这种方法适用于部分顽固的扁平疣患者。
4.日常护理：扁平疣患者还需要注意增强体质、保证睡眠充足、避免紧张劳累，以提高机体免疫力，防止扁平疣的复发。