根治脸部扁平疣需要综合多种方法，具体包括：
1.物理治疗：如二氧化碳激光、液氮冷冻等，可以直接作用于疣体，通过高温或低温使其坏死脱落，从而去除扁平疣。这种方法适用于数量不多的情况。
2.药物治疗：使用抗病毒药物如干扰素、咪喹莫特乳膏等，以及调节免疫力的药物如转移因子、胸腺肽等，可以抑制病毒复制并增强机体免疫力，有助于根治扁平疣。
3.自体疣埋植术：通过刺激细胞免疫达到根治扁平疣的目的。
4.改善生活习惯：注意保持皮肤清洁干燥，避免用手抓挠患处，以免传染到其他部位或加重症状。同时，增强体质、保证睡眠充足、避免紧张劳累，通过提高机体免疫力也可以防止扁平疣的复发。