顽固性扁平疣的根治通常需要综合治疗，包括：
1.药物治疗：在医生指导下，使用维A酸软膏、咪喹莫特软膏、干扰素凝胶等外用药物，这些药物能够抑制病毒的生长和繁殖，促进疣体脱落。但需注意，某些药物如氟尿嘧啶可能导致色素沉着，不适合面部使用。
2.物理治疗：如激光、冷冻、电灼等，这些方法可以直接作用于疣体，迅速去除病变组织。激光治疗尤其适用于顽固性扁平疣，能够达到根治的效果，但需注意术后护理和防晒，以防色素沉着。
3.手术治疗：对于较大或顽固的扁平疣，可考虑手术切除。手术方法包括外科手术和电切术，能够彻底切除疣体，但可能留下疤痕。
4.免疫疗法：通过刺激免疫系统来抵抗病毒感染，如使用局部免疫调节药物或干扰素等。