寻常疣和扁平疣的区别主要体现在：
1.感染病毒类型：寻常疣主要由HPV-2型病毒感染引起，而扁平疣则多由HPV-3型病毒感染所致。
2.皮损形态：寻常疣的皮损表现为增生性的丘疹，表面粗糙，呈菜花状，好发于手指、手背、足缘等处；扁平疣则呈现为米粒或绿豆大小的扁平丘疹，表面光滑，多为圆形或椭圆形，好发于面部、手背及前臂等部位。
3.颜色与质地：寻常疣的颜色多为灰褐色、棕色或正常肤色，质地坚硬；扁平疣则多为皮色、淡褐色或褐色，质地相对柔软。
4.生长特点：寻常疣的生长速度相对较快，容易形成较大的疣体，且表面常有小黑点；扁平疣则生长缓慢，一般不会形成较大的疣体。
5.治疗难度：由于寻常疣的皮损较为顽固，治疗难度相对较大；而扁平疣虽然也具有传染性，但治疗起来相对容易一些。