治疗扁平疣有效的方法主要包括药物治疗、物理治疗和手术治疗。
1.药物治疗：在医生指导下，可使用水杨酸软膏、维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等外用药物，这些药物可以抑制皮损的生长，促进表面剥脱，使皮损脱落。若症状反复，可尝试使用干扰素α1b注射液、胸腺肽注射液等免疫抑制剂，增强免疫系统以抵抗病毒。
2.物理治疗：包括冷冻治疗、激光治疗和光动力疗法等。冷冻治疗利用液氮产生低温，使皮损坏死、脱落；激光治疗则通过高温使皮损组织坏死、脱落；光动力疗法则利用光敏剂在光照下使皮损处感染的细胞死亡。这些方法通常能更快速、更彻底地去除扁平疣。
3.手术治疗：对于较大或复杂的扁平疣，手术切除是一种选择。医生会将疣体完全切除，并根据需要缝合伤口。