扁平疣根据临床表现和病理特征可分为多种类型，主要包括：
1.寻常型扁平疣：表皮有角化不全和角化过度，颗粒层增厚，乳头瘤样增生，真皮乳头增宽，呈外向型生长。
2.扁平型扁平疣：表皮增厚，表皮浅层常有纤维血管性核心，表皮细胞明显空泡化，可见角化不良细胞。
3.棘层增厚型扁平疣：以棘层明显增厚为主，表皮脚增宽，表皮浅层明显空泡化。
4.细胞坏死型扁平疣：表皮浅层常见纤维血管性核心，深层则多位于表皮突之间，可见细胞坏死、溶解后形成的水疱。
5.不规则形扁平疣：棘层增厚，表皮脚延长分支、不宽，形态不规则，表皮突有切迹，真皮乳头增生不规则。