疣状表皮发育不良与扁平疣的区别主要体现在：
1.病因：两者均与人乳头瘤病毒（HPV）感染有关，但疣状表皮发育不良患者对该病毒存在遗传性易感性，且常有近亲结婚史，而扁平疣则多由HPV感染所致，无特定遗传性。
2.症状：疣状表皮发育不良表现为全身性泛发的扁平疣状丘疹，皮疹从米粒至黄豆大小不等，圆形或多角形，质地坚硬，颜色多样，数量逐渐增多且分布对称。扁平疣则多为平坦的圆形或椭圆形丘疹，颜色与周围皮肤相近，多见于面部、手背等暴露部位，数量相对较少。
3.病程与转归：疣状表皮发育不良病程极慢，经年累月不消退，且部分患者皮损可发展成鳞状细胞癌。扁平疣则具有自限性，部分可自行消退，不留疤痕。