石河子大学医学院第一附属医院始建于1949年。其前身为国民党9.25起义部队联勤五十九后方医院，1950年改编为中国人民解放军第九军医院，1952年4月1日与22兵团卫生部九军卫生处及26师收容所合编为中国人民解放军第22兵团医院，1954年成为新疆军区生产建设兵团第二医院，1964年改为新疆军区生产建设兵团医学专科附属医院，1966年改为兵团医学院附属医院，1978年改为石河子医学院附属医院，1992年改为石河子医学院第一附属医院，1996年改名为石河子大学医学院第一附属医院。

与共和国同龄的石河子大学医学院第一附属医院，历经70年的风风雨雨，经过几代人的艰苦创业、辛勤耕耘，我院已由最初的几间平房发展成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的综合性三级甲等医院、全国百佳医院，全国百姓放心医院。医院行政关系隶属于石河子大学管理，行业管理隶属于兵团卫健委。是兵团消化内窥镜中心、兵团肝胆外科中心、兵团关节镜中心、兵团心脏介入起搏诊疗中心、兵团肿瘤放射治疗中心、兵团护理质量控制中心、自治区病理质量控制中心、消化内科医疗质量控制中心、兵团神经外科医疗质量控制中心、兵团骨科医疗质量控制中心、兵团泌尿外科医疗质量控制中心、兵团麻醉专业医疗质量控制中心、兵团康复医学质量控制中心、国家应急救援队。